جوجه هایی که بر روی سیستم بستر نگهداری می شوند در تماس دایم با بستری هستند که بر روی آن زندگی می کنند. بنابراین رعایت مسایل مدیریتی و کنترل کیفی در شرایط پرورش بر روی بستر بسیار با اهمیت می باشد.
بستر یکی از فاکتورهای مهم در رشد پرندگان است، به دلیل اینکه پرندگان از اولین روز زندگی در تماس با بستر و محتویات آن قرار دارند. مدیریت نادرست بستر می تواند باعث گسترش بیماری های عفونی شده و مشکلاتی را ایجاد کند که منجر به ضرر های اقتصادی جدی گردد.
انواع بستر متداول که در مرغداری ها مورد استفاده قرار می گیرند شامل پوشال کاج، پوشال زبره چوب، تراشه های چوب و کاج، پوسته برنج، پوسته بادام زمینی، پوسته ذرت خرد شده، کاه، علوفه خشک، کنجاله ذرت و دورریزکاغذهای مصرفی می باشند. این مواد معمولا به میزان تقریبی بین 5-2 کیلوگرم در هر متر مربع مورد استفاده قرار گرفته و انتخاب این مواد باید بر اساس شرایط خاص فارمی صورت گیرد.

مرغداری و مدیریت
مرغداری ها با کف یا بستر بتنی شاید راحتتر پاکسازی شوند، اما کارکردن بر روی این نوع بستر و ضدعفونی آن پس از برداشت بستر مرطوب و قدیمی ممکن است یک روش غیرموثر در آلودگی زدایی باشد. این مورد به عنوان یک منیع آلودگی در زمان ورود جوجه های یکروزه به داخل سالن مرغداری خواهد بود.

به نظر می رسد بعضی از واحدهای مرغداری به طور دائم با بستر مرطوب مشکل دارند. سالن های مرغداری با ساختار ضعیف و ایزولاسیون نامناسب سقف می تواند منجر به تجمع و ریزش آب بر روی بستر شوند. این مشکل ممکن است ناشی از آبخوری های پستانکی فرسوده باشد که به مدت پنج سال و یا بیشتر مورد استفاده قرار گرفته اند. بنابراین تعویض به موقع آبخوری های پستانکی، امکان بهبود و تامین کیفیت بستر را فراهم می سازد. کاهش میزان کلوخه گی بستر متعاقب تعویض آبخوری های پستانکی به میزان 90-50% گزارش شده است. سایر مسایل مدیریتی شامل  تعدیل فشار، ارتفاع مناسب و رعایت مسایل بهداشتی و آماده سازی مناسب سالن ها حائز اهمیت هستند. چنانچه میزان کلوخه شدگی بستر به علت آبریزش زیاد از آبخوری ها رو به پیشرفت باشد، ممکن است بهم زدن بستر جهت ایجاد بستر خشک ضروری باشد.

درجه حرارت و رطوبت
هواکش ها، به تعداد کم یا نامطلوب و یا مقدار جابجایی نادرست هوا در سالن ممکن است سبب شود که تبادل هوا در نقاط خاصی از سالن به حد کافی صورت نگیرد. این موضوع باعث می شود که بخارات آب به داخل بستر جذب شده و یا نتواند از آن خارج شود. سپس، رشد قارچ و باکتری در آن افزایش می یابد، به خصوص در زمانی که درجه حرارت داخل سالن بالا باشد. همچنین تهویه ضعیف و نامناسب همراه با درجه حرارت و رطوبت بالا ممکن است منجر به افزایش میزان آمونیاک در سالن گردد. این مقدار ممکن است به حد نگران کننده و خطرناکی برسد که برای کارگران و حیوانات ناخوشایند باشد. در موارد بسیار شدید، افزایش میزان آمونیاک می تواند موجبات درگیری با بیماری های مختلف مانند کوکسیدیوز، تاول های سینه ای، سوختگی های آمونیاکی و عفونت های تنفسی را فراهم سازد.

عوامل تغذیه ای و بستر
1)اجزای مواد غذایی :گروه های خاصی از مواد غذایی ممکن است دارای میزان زیادی از بعضی مواد مانند سبوس گندمٍ، کنجاله کنجد یا دانه های ذرت باشند که همه این موارد ملین هستند و باعث تولید رطوبت یا قطراتی با بوی بسیار بد می شوند. بنابراین این اجزا باید با سایر اجزا همگن و بالانس شوند تا اثرات فیزیولوژیک آنها بر روی طیور تعدیل گردد.
کیفیت پایین چربی ها در جیره های طیور به طوری که مورد استفاده قرار نگیرند و به طور کامل دفع شوند اغلب موجب چرب شدن بستر می گردند. این نوع بستر ممکن است به مرور زمان بو گرفته و باعث انتشار بیشتر بوی بد در سالن گردد.

2)میزان انرژی مواد خوراکی:
زمانیکه انرژی رژیم غذایی افزایش می یابد، رطوبت بستر کاهش یافته و کیفیت آن بهبود می یابد. این موضوع به کاهش شیوع درماتیت های کف پا، جراحات پنجه های پا و سایر مشکلات کمک می کند.

3)میزان مواد معدنی:
مصرف بیش از حد مواد معدنی در رژیم غذایی منجر به افزایش میزان مصرف آب و در نتیجه افزایش رطوبت مدفوع می شود. بنابراین در نظر گرفتن مقادیر پایینتر املاح در خوراک در حفظ کیفیت و رطوبت بستر سودمند و مفید می باشد.

4)افزودنی های دارویی:
جیره های حاوی دارو مانند کوکسیدیواستات ها همراه با تغییرات متابولیکی هستند که منجر به دفع بیشتر آب نیز می شوند. تغییر اجزای جیره غذایی غالبا باعث تشدید این مشکل خواهد شد. اینگونه تغییر جیره غذایی باید متناسب با تغییرات فلور میکروبی دستگاه گوارش پرندگان در طول دوره درمان صورت بگیرد.

5)شکل فیزیکی و نحوه تغذیه:
پرندگانی که با جیره پلت تغذیه می شوند رطوبت بستر بالاتری تولید کرده و کیفیت بستر پایین تری نسبت به گروه های تغذیه شده با دان مش و نرم دارند. البته جذب مواد غذایی از طریق دان پلت بالاتر می باشد، اما مصرف بیشتر آب را هم بدنبال خواهد داشت. محدودیت تغذیه ای نیز سبب ایجاد بیشتر رطوبت و کاهش کیفیت بستر خواهد شد. این موضوع می تواند مصرف آب را به علت عدم رضایت پرندگان در طول دوره محدودیت غذایی تحریک کند.